Was mich bei wpSEO aktuell enttäuscht sind die Altlasten, woran wohl auch nichts geändert wird in der Zukunft. Früher, vor den Custom-Fields, wurden die Meta Daten für Kategorien und Tags in der wp_options-Tabelle gespeichert. Jetzt gibt es die Custom-Fields aber die ganzen Meta Daten für Tags und Kategorien werden weiterhin in der wp_options-Tabelle gespeichert und nicht in Custom-Fields migriert. Da die Optionen ja per autoload bei jedem Aufruf von WordPress geladen werden, finde ich das eine sehr unglückliche Lösung.
Ich hatte den Support auch darauf angesprochen aber derzeit gibt es keinen Plan das umzustellen.